Pekan ke-4 Juli 2022

Pekan ke-4 diisi dengan diskusi WG-artefak tanggal 26 Juli 2022 (Gambar 1). Diskusi yang dihadiri 3 anggota menyepakati beberapa hal berikut

1. Target submisi tanggal 29 Juli 2022 menjadi tidak realistis. Diupayakan untuk mentargetkan submisi di periode ke-2
2. Mapping dilanjutkan sesuai skema berikut
   1. Skema computer code
      • bagaimana dikemas
        • binary
        • source
        • algoritma
      • bagaimana dipublikasi
        • eksplisit disebutkan dalam artikel dan terbuka (tanpa pembatasan) untuk diakses
        • eksplisit disebutkan dalam artikel dengan pembatasan untuk diakses
        • computer code disebutkan (misal: MATLAB, SPSS, EXCEL), tetapi tidak disebutkan lokasi repositorynya
      • bagaimana dijalankan
        • asumsi: compiler, interpreter dan container dianggap sama, sistem operasi tidak diperhitungkan
        • opsi yang mungkin: open, close dan keduanya (dalam 1 artikel disebutkan penggunaan compiler open dan close sekaligus)
   2. Skema data
      • menggunakan skema yang sama dengan bagaimana computer code dipublikasi
      • eksplisit disebutkan dalam artikel dan terbuka (tanpa pembatasan) untuk diakses
      • eksplisit disebutkan dalam artikel dengan pembatasan untuk diakses
      • data disebutkan (misal: MNIST, Iris), tetapi tidak disebutkan lokasi repositorynya
3. Counting bersifat Yes/No, bukan mengcacah jumlah riil
4. Skema tersebut berlaku untuk pelibatan computer code dan data sebagai input (digunakan dalam aktifitas riset) atau sebagai output (dihasilkan dari aktivitas riset).

Gambar 1. Diskusi WG-artefak di pekan ke-4 Juli 2022

Diskusi selanjutnya tetap dilaksanakan tiap selasa jam 8.30.

Selanjutnya, saya ikut terlibat dengan kelompok kimia komputasi tanggal 27 Juli 2022 (Gambar 2). Sebenarnya ini adalah diskusi ke-3 yg saya ikuti. Dalam kesempatan tersebut, Stevry menyampaikan pengembangan aplikasinya untuk menampilkan komparasi hasil eksperimen dan prediksi. Menurutnya, proses rendering bisa lebih ringan daripada menggunakan colab.

Gambar 3. Aplikasi buatan Stevry

Kegiatan berikutnya di pekan ini adalah diskusi dengan grup riset di PRTKMMN tanggal 28 Juli 2022 (Gambar 4). Pada kesempatan tersebut, Julfa menyampaikan penggunaan Geant4 dalam aktifitas riset terkait fisika partikel, khususnya pada aplikasi keselamatan radiasi. Rekan-rekan di PTRKMMN cukup antusias dengan penjelasan Julfa, terlihat dari diskusi hangat yang terjadi. Saya sendiri berbagi sedikit pengetahuan terkait metode Monte Carlo dan beberapa aplikasinya dalam keselamatan radiasi. Rencananya, diskusi ini akan dilakukan tiap 2 pekan, tentative di hari Rabu.

Gambar 4. Diskusi dengan rekan PRTKMMN – ORTN

Sedangkan WG-CFD melaukan diskusi rutin tanggal 29 Juli 2022 jam 13.30 (Gambar 5). Ringkasan dari diskusi tersebut adalah

1. Arya melaporkan telah menyelesaikan simulasi 2 kombinasi rasio 1 dan rasio 2 dengan refinement default dan untuk metode body fitted.
2. Nurhadi menyampaikan hasil simulasi (Gambar 5)
3. Taufik menyampaikan hasil terakhir yang masih terhenti di detik ke-20. Menurut Novan, parameter maxCo berpengaruh pada kesalahan yang muncul. Jika terhenti, coba perkecil nilai parameter tersebut. Jika progres simulasi sangat lama, perbesar lagi.
4. Winarno menyampaikan progress visualisasi.
5. Ihsan belum bisa menyampaikan progress karena banyaknya pekerjaan di grup bioinformatika.
6. Novan menyampaikan optimasi dekomposisi obyek di mana optimal dekomposisi yang dibebankankan ke thread adalah 50000. Terlebih ketika metode HFDIBM dijalankan, obyek pipa harus berada dalam sub domain yang sama. Jika tidak, besar kemungkinan akan terjadi kesalahan karena ada mekanisme saling ketergantungan antar sub domain.

Gambar 5. Diskusi WG-CFD tanggal 29 Juli 2022

Untuk pekan depan, jadwal diskusi masih menunggu informasi dari kapus. Jika tidak ada, maka diskusi tetap dilakukan di hari jumat, 5 Agustus 2022.

Menyiapkan matriks dalam C++

Karena diminta untuk mengerjakan project dalam C++, maka saya harus kembali belajar dari awal. Kali ini, saya akan menyiapkan matriks yang ukuran dan batasan nilainya ditentukan oleh pengguna. Keterbatasannya adalah program berikut ini hanya mengasumsikan bahwa pengguna sudah mengetahui bahwa program yang akan digunakan menghasilkan matrik bernilai integer. Kemudian pengguna juga sudah mengetahui bahwa urutan argumen yang harus diberikan adalah jumlah baris, jumlah kolom, nilai minimum dan maksimum dari matriks yang akan disiapkan. Berikut adalah isi dari program tersebut.

#include<iostream>
#include<cstdlib>
#include<string>
#include<ctime>
using namespace std;

int main(int argc, char* argv[]){
        int rows, columns, min, max;
        if (argc==5) {
                rows=stoi(argv[1]);
                columns=stoi(argv[2]);
                min=stoi(argv[3]);
                max=stoi(argv[4]);
        }

        srand(time(0));
        int** x=new int* [rows];
        for (int i=0; i<rows; i++) {
                x[i]=new int[columns];
                for (int j=0; j<columns; j++) {
                        x[i][j]=rand() % (max-min+1) + min;
                }
        }

        for (int i=0; i<rows; i++) {
                for (int j=0; j<columns; j++) {
                        cout << x[i][j] << "\t";
                }
                cout << endl;
        }
        free(x);
        return 0;
}

Kompilasi program di atas dengan perintah g++ -o executablefilename sourcefilename.cpp. Dengan executablefilename adalah berkas yang akan dieksekusi, sedangkan sourcefilename.cpp adalah nama berkas yang berisi program tersebut.

Selanjutnya, jalankan program tersebut dengan perintah ./executablefilename 3 4 1 10, nilai 3 4 1 10 masing-masing adalah:

• jumlah baris matriks
• jumlah kolom matriks
• nilai minimum dari isi matriks
• nilai maksimum dari isi matriks

Gambar 1 berikut mengilustrasikan matriks yang dihasilkan.

Gambar 1. Contoh matriks yang dihasilkan dengan spesifikasi yang diberikan.

Pekan ke-3 Juli 2022

Diskusi WG-artefak pekan ini diadakan tanggal 19 Juli 2022 (Gambar 1). Pekan ini diperoleh beberapa kesepakatan yang perlu ditindaklanjuti.

1. Penyajian metode perlu dibuat dalam bentuk tabular sehingga memudahkan pemahaman pembaca
2. Arya perlu menyiapkan google spreadsheet yang di situ setiap anggota dapat melakukan tabulasi berdasarkan kriteria yang disepakati.
3. Diskusi tetap dilakukan pada pekan depan tanggal 26 Juli 2022, jam 8.30. Tetapi, karena batas waktu submisi artikel ke IC3INA adalah tanggal 29 Juli 2022, maka kapanpun dirasa perlu untuk diskusi, setiap anggota dapat mengusulkan diskusi.

Gambar 1. Diskusi WG-artefak

Untuk WG-numerik, diskusi dengan pak Rifki dilakukan tanggal 20 Juli 2022 jam 14.30 (Gambar 2). Dalam diskusi tersebut, dijelaskan tentang beberapa project penelitian terkait pemrograman parallel di GPU pada kasus fisis Space Charge Distortion pada eksperimen ALICE. Ilustrasi ditunjukkan pada Gambar 3.

Gambar 2. Diskusi WG numerik tanggal 20 Juli 2022.

Gambar 3. Kasus fisis yang mendasari project riset WG numerik.

Arya ditugaskan untuk melakukan studi literatur terkait algoritma interpolasi pada dimensi 3, baik secara linear maupun kuadratik. Sedangkan Nurhadi dan Ihsan ditugaskan untuk menyiapkan lingkungan pengembangan solver. Sedangkan untuk Poisson solver, yang sudah jauh lebih mapan didelegasikan ke Adit dan Taufik.

Untuk WG-Muon (WG baru ini), delegasi pekerjaan diberikan pada Arya, Julfa dan Parulian. Arya diminta untuk melakukan studi literatur, sementara Julfa dan Parulian diminta untuk menyiapkan lingkungan pengembangannya. Sedangkan WG-bioinformatika (istilah saya aja), tidak saya bahas karena tidak terkait langsung dengan WG-numerik. WG-Muon kemudian melanjutkan diskusi malam harinya (Gambar 4). Dari perspektif kami di WG-Muon, kami perlu siapkan Geant4 yang ‘dapat diakses dengan python’, root dan CLHEP. Saya pribadi sempat mencoba tapi masih gagal ketika melibatkan Python.

Gambar 4. Diskusi WG Muon tanggal 20 Juli 2022 bersama Alan dan Ralf (Fermilab)

Diskusi WG-CFD dilakukan tanggal 22 Juli 2022 jam 13.30 (Gambar 5). Dalam diskusi tersebut, berikut adalah ringkasannya.

1. Arya menyampaikan laporan terkait eksekusi kasus rasio 1:1, tetapi tidak terbentuk progres setelah eksekusi sekitar 16 jam, tetapi simulasi tetap berjalan di HPC
2. Taufik menyampaikan laporan hasil simulasinya yang ternyata disebabkan oleh tidak terkompilasinya berkas setAlpha2R. Karena itu simulasinya harus diulang.
3. Winarno menyampaikan laporan sudah terkait seluruh skenario simulasinya dan siap melakukan drafting paper.
4. Ihsan menyampaikan laporan terkait kegiatannya yang belum ada kemajuan.
5. Nurhadi menyampaikan laporan yang sama dengan Taufik.

Gambar 5. Diskusi WG-CFD 22 Juli 2022

Diskusi selanjutnya direncanakan tetap di Jumat siang tanggal 29 Juli 2022.

Pekan ke-2 Juli 2022

Pekan ke-2 Juli dimulai dengan diskusi WG-artefak tanggal 12 Juli 2022 (Gambar 1). Dalam diskusi tersebut, untuk sementara disepakati metode ‘survey’, khusunya yang menimbulkan kerancuan. Misalnya dalam mempublikasikan repository code (baik yang digunakan maupun yang dihasilkan), ada beberapa yang tidak disebutkan dalam artikel, tetapi dapat ditelusur. Untuk kondisi tersebut, sementara kami kelompokkan sebagai None, code yang digunakan/dihasilkan tidak disebutkan dalam artikel lokasi penyimpanannya, tetapi dapat ditelusur menggunakan mesin pencari. Selain itu, ada kemungkinan suatu code didistribusi dalam bentuk source maupun binary yang dapat dieksekusi, bahkan dijelaskan juga algoritmanya. Diskusi berikutnya akan dilakukan tanggal 19 Juli 2022 jam 8.30.

Gambar 1. Diskusi WG-artefak, 12 Juli 2022.

Untuk WG CFD, dilaksanakan tanggal 15 Juli 2022 (Gambar 2, hasil dari Ihsan). Novan menyampaikan rencana untuk mulai melakukan paper reading pekan depan. Berikut adalah ringkasan dari diskusi tersebut.

1. Taufik menyampaikan tentang kendala terkait parameter simulasi. Setelah memperbaiki beberapa parameter, simulasi dapat berjalan normal meski membutuhkan waktu eksekusi yang cukup lama (lebih dari 1 hari). Kebetulan dekomposisi sub domain hanya 8.
2. Winarno menyampaikan hasil simulasi 2 skenario eksperimen terkait particle response time. Kendalanya masih terkait pembatasan (jumlah dekomposisi masalah dan wall time) yang berlaku di HPC.
3. Ihsan menyampaikan hasil simulasi yang sama dengan Winarno tetapi dengan skema pembentukan meshing yang berbeda.
4. Arya masih berkutat dengan kegagalan instalasi. Kali ini, instalasi openfoam 1812 di ubuntu 18.04 yang dipasang di atas virtualbox masih menyisakan kesalahan, bahkan pada saat kompilasi openfoam. Sebelumnya, ketika menggunakan openfoam v5, banyak kendala terkait source code dan pustaka untuk mengkompilasi solver dari kasus scour.
5. Nurhadi menyampaikan hasil pembentukan mesh.

Diskusi selanjutnya akan dilakukan tanggal 22 Juli 2022 jam 13.30.

Gambar 2. Diskusi WG CFD

Sedangkan untuk WG numerik, pekan ini tidak ada diskusi formal. Hanya ada kegiatan berikut yang terkait:

1. Pleno PR Komputasi yang membahas tentang pengelolaan kegiatan riset berbasis Taiga dan Git yang tentunya melibatkan WG numerik. Rencana diskusi berikutnya adalah tanggal 18 Juli 2022, jam 10.00.
2. Diskusi dengan KR Kimia Komputasi membahas tentang prediksi solubilitas berbasis pembelajaran mesin yang dilaksanakan tanggal 13 Juli 2022 jam 8.30 WIB. Arya sempat membagikan pengujian prediksi menggunakan regresi linier berbasis python di sini. Dataset yang akan diolah dalam kegiatan ini juga sudah diberikan oleh bu Ratna sebagai group leader.
3. Diskusi dengan grup riset di PRTKMMN (susah ya) ORTN yang undangannya seperti Gambar 3. Diskusi tersebut dilakukan sebagai brainstroming kegiatan riset ke depan yang akan banyak memanfaatkan metode Monte Carlo. Rencananya, Arya dan Julfa akan banyak dilibatkan dalam kegiatan tertsebut. Mngkn bakal ada WG Monte Carlo, ke depannya.

Gambar 3. Diskusi terkait metode monte carlo

Pekan ke-1 Juli 2022

Diskusi pekan ini dimulai dari WG Artefak pada tanggal 5. Secara ringkas, hasil diskusi pekan ini adalah sebagai berikut.

1. Kriteria software dibagi ke aspek
   • publisitas:
     • dapat diakses secara publik tanpa syarat
     • dapat diakses dengan syarat
     • tertutup
   • keberadaannya dalam bentuk
     • binary
     • source code
     • algoritma
   • compiler/interpreter (jika hanya tersedia source code)
     • free (e.g python, GCC)
     • commercial (e.g. Matlab)
2. Assesment dilakukan pada dataset sebelumnya yang memang telah diketahui melibatkan software dan data dalam aktifitasnya, baik sebagai input maupun output.
3. Penambahan
   • motivasi pada draft makalah di bagian introduction
   • related works: jika banyak ditambahkan di chapter yang baru atau menyatu dengan introduction
   • research gap (setelah related works)
4. Buat form counting bersama
5. Target diskusi pekan depan adalah tanggal 12 jam 8.30 dan akan membahas tentang
   • kecenderung hasil counting yang diperoleh
   • layout paper

Sedangkan Gambar 1 menunjukkan diskusi yang sedang berlangsung.

Gambar 1. Diskusi WG artefak, 5 Juli 2022

Untuk grup HPC, ada 2 tugas utama yang diberikan (ke grup numerik).

1. Mereview artikel ini. Sepertinya perlu juga mempelajari karakteristik varian cubic spline (Arya-Ihsan).
2. Mempelajari pustaka yang Geant4 bergantung, seperti root dan clhep. Tentu sekaligus mempelajari Geant4 untuk simulasi kasus fisis tertentu (Arya-Julfa). Sementara, instalasi root di ubuntu 22.04 bisa dengan mudah dilakukan. Kemudian menambahkan perintah

export LD_PRELOAD=/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libgtk3-nocsd.so.0

ke .bashrc dan menjalankan perintah source .bashrc dari terminal. Hasilnya seperti ditunjukkan pada Gambar 2.

Gambar 2. Hasil instalasi root di ubuntu

Diskusinya sendiri didokumentasi di Gambar 3. Yang tampil pada Gambar 3 adalah tentang HPC untuk aplikasi bioinformatika. Sedangkan untuk diskusi selanjutnya direncanakan tanggal 11 Juli 2022 jam 9.30 (setelah apel pagi)

Gambar 3. Diskusi grup HPC pada 6 Juli 2022

Diskusi grup CFD dilakukan pada tanggal 8 Juli 2022 seperti ditunjukkan pada Gambar 4. Di Gambar tersebut, Winarno menjelaskan hasil simulasi yang sudah diperoleh. Arya sendiri masih gagal mengeksekusi simulasi. Peluangnya berasal dari skenario meshing. Taufik menyampaikan kendala ketika melakukan visualisasi karena sistem operasi (Windows) yang digunakan berbeda ketika melakukan perhitungan (Linux). Sementara Ihsan harus mengikuti diskusi dengan grup bioinformatika untuk pengembangan sistem repository. Grup CFD direncanakan akan melakukan diskusi offline di Cibinong pekan depan, 15 Juli 2022 jam 13.30.

Gambar 4. Diskusi grup CFD tanggal 8 Juli 2022

Berikutnya, untuk memudahkan koordinasi, karena ada beberapa kegiatan di HPC, saya mengusulkan untuk menganut kebijakan seperti di KRKC. Setiap kegiatan diwadahi dalam Working Group (WG). Sehingga di grup HPC ada:

1. WG numerik, kegiatannya terkait pengembangan solver metode numerik, pada beragam platform bahasa pemrograman, moda eksekusi (sekuensial/parallel), perangkat komputasi — CPU, GPU, FPGA, dll, serta peluang pemanfaatannya pada beragam aplikasi saintifik (Rifki).
2. WG CFD, kegiatannya terkait metode numerik yang khusus ke komputasi dinamika fluida, berbasis aplikasi OpenFOAM pada beragam aplikasi saintifik (Novan).
3. WG rekayasa, kegiatannya terkait pemanfaatan metode komputasi pada kasus-kasus kerekayaasan, meliputi analisis data, pembelajaran mesin berikut penguasaan pustaka terkait tujuan tersebut (Tri Widodo).

Pekan ke-5 Juni 2022

Pekan ini dimulai dengan diskusi WG-Artefak pada 28 Juni 2022 seperti ditunjukkan Gambar 1. Dalam diskusi tersebut memutuskan untuk melakukan cacah pada dataset yang sebelumnya dilakukan, juga dengan pembagian tugas yang sama dalam hal:

1. Software
   • open source code (eksekusi & adaptasi vs adaptasi) vs binary (eksekusi) vs. tidak keduanya
   • dasar pertimbangan: Open Reproducible Research
2. Dataset
   • publik vs. prifat
   • dasar pertimbangan: open data

Diskusi pekan depan akan dilakukan pada hari Selasa pukul 8.30.

Gambar 1. Diskusi WG artefak, 28 Juni 2022

Berikutnya, terkait kegiatan grup numerik, pekan ini telah berhasil dilakukan instalasi Geant4 pada Ubuntu 22.04 seperti yang telah didokumentasikan di sini. Sementara review metode cubic spline interpolation sedang berjalan, dan didokumentasikan di sini. Sedangkan diskusi pekanan grup numerik ditunda ke pekan depan tanggal 4 Juli 2022 setelah apel pagi.

Untuk kegiatan grup CFD, dilakukan pada 1 Juli 2022, jam 10 pagi. Gambar 2 menunjukkan moment ketika Novan menyampaikan penjelasan tentang interpretasi dan visualisasi hasil simulasi. Dalam diskusi tersebut, direncanakan untuk mulai membiasakan untuk me-review paper dan materi lain yang terkait (bahkan yang paling teknis sekalipun) dan mendokumentasikannya dalam media yang memudahkan setiap anggota grup me-retrieve kembali. Pekan depan, diskusi akan dilakukan pada hari jumat pukul 13.30.

Gambar 2. Visualisasi hasil simulasi